В 1937 году Шри Тирумалай Кришнамачарья вдохновил Айенгара отправиться в Пуну и начать преподавать там йогу. В Пуне Айенгар совершенствовал свои практики, проводя по много часов в день обучаясь различным техникам и экспериментируя с созданием своих собственных. В 1975 году Айенгар основал в Пуне «Мемориальный институт йоги Рамамани Айенгара», посвятив его памяти своей умершей жены. В дальнейшем Институты йоги Айенгара были открыты в 1984 году в Лос-Анджелесе и в 1987 году в Нью-Йорке.